Der genaue Ursprung der Traversflöte (Querflöte) ist nicht bekannt. Es soll sie bereits im 9.Jht. v.Chr. in China gegeben haben. Erste europäische Belege stammen aus dem 1.Jht. v.Chr.. Seit dem 12.Jht. ist die Traversflöte in der mitteleuropäischen Musik nachweisbar. Besonders in Deutschland schien sie sehr beliebt gewesen zu sein, denn noch im 18.Jht. nannte man sie auch "Deutsche Flöte" oder "Flûte Allemande". Lange Zeit hatte die Traversflöte neben der wesentlich beliebteren Blockflöte ein Schattendasein geführt. Nur in der Marschmusik hatte sie seit dem 15.Jht. eine wesentliche Rolle gespielt. Martin Luther erkor sie zu seinem Lieblingsinstrument. Überhaupt wurden in der Ensemblemusik des 16.Jhts. sehr viele Flöteninstrumente eingesetzt. Am liebsten gebrauchte man dabei Block- und Traversflöten in ganzen Stimmwerken, d.h. mit allen Mitgliedern ihrer Instrumentenfamilie in unterschiedlicher Lage (Bass, Tenor, Alt, Sopran). Der Zusammenklang dieser Instrumente gibt, wie Michael Praetorius in seinem "Syntagma Musicum" Anfang des 17.Jhts. schrieb, "eine sehr anmutige, stille, liebliche Harmoniam von sich, sonderlich in Stuben und Gemächern".

Als man dazu überging Ensembles zu mischen und Flöten mit anderen Blas- und Saiteninstrumenten zu kombinieren, verlor die Traversflöte gegenüber der Blockflöte mit ihrem durchdringenden Klang an Bedeutung. Das lag nicht nur an der geringen Lautstärke der Traversflöte, sondern auch an ihrem Klang allgemein.

Johann Joachim Quantz, der Flötenlehrer von Friedrich dem Großen, verlangte von der Flöte einen "hellen, schneidenden, dicken, runden, männlichen Ton". Es war also eine grundlegende Überarbeitung der Konstruktion notwendig. Um 1650 begannen französische Flötenbauer, unter ihnen auch Jean Hotteterre, die Flöte konisch zu bohren, sodass sie sich vom Anblasrohr aus zum Ende des Instruments verjüngt. Außerdem wurde die Flöte in 3 teile zerlegt: Kopf-, Mittel- und Fußstück. Der Tonumfang der Traversflöte betrug nun mehr als 2 Oktaven. Mit diesen Veränderungen, zu denen auch die Vergrößerung des Anblasrohres kam, passte man die Flöte dem geforderten Tonideal an - was allerdings auf Kosten der schönen, kräftigen Tiefe ging.

Nun versuchte man noch, das Problem des Stimmtons zu lösen. Zunächst zerlegte man den Mittelteil der Flöte in 2 Teile, wobei das obere Stück durch bis zu 6 unterschiedlich lange Teile ausgetauscht werden konnte. Das Kopfstück wurde den verschieden langen Mittelstücken durch einen beweglichen Stimmkork am Ende angepasst. Schließlich wurden auch noch Kopf- und Fußstück der Flöte zweigeteilt, was dazu führte, dass die durch die verschiedenen Mittelstücke sowieso schon problematische Stimmung in sich noch schlechter wurde. Besonders betroffen waren die in der Grundskala D-Dur-fremden Töne, die durch komplizierte Gabelgriffe erzeugt wurden.

Obwohl das zusätzliche Anbringen von Klappen die Reinheit der Töne erheblich verbesserte, weigerten sich die Flötisten in der 2. Hälfte des 18.Jhts. ihr Instrument entsprechend ausstatten zu lassen, da man nicht die Vielfalt der unterschiedlichen Klangfarben verlieren wollte.

Als sich dann im 19.Jht. der möglichst ausgeglichene und gleichförmige Klang durchsetzte, wurde die Flöte vom deutschen Flötenbauer Theobald Boehm vollends mechanisiert. Die Traversflöte war nun bevorzugt aus Silber und konnte sich mit ihrem nun kräftigeren und lauteren Ton auch in den großen Sinfonie- und Opernorchestern der Romantik (ca. 1795 - 1848) durchsetzen.

Diese Form der Traversflöte ist heute die gebräuchlichste. Auf mittelalterliche Traversflöten (eigentlich "Renaissance-Flöten") aus einem Stück Holz (meist Birnbaum) und nur 6 einfachen Grifflöchern, trifft man höchstens noch bei authentisch auftretenden Musikern, wie z.B. in Renaissance-Ensembles.